曲龍寺是恪魯派的早期寺院之一,1393年,36歲的格魯派創始人宗喀巴大師“率同師徒弟子共九人赴沃卡卻隆靜修”宣傳格魯派教法。當時沃卡宗的宗本扎西倫珠因篤信佛教,自願作了這師徒九人的施主。宗本極力要求為這九名在岩洞中修行的師徒
修建一座道場。於是在宗喀大師的應允旨意下修了一座長14肘,寬11肘的經堂,直到1969年這座經堂依然如故,這就是曲龍寺初建的情況。以後“大師拜三十五佛懺,手足指皆已破裂,石上磨成手足和頭部跡印。復在一個比較大點的而根也很穩固的四方石盤上作曼荼羅供,以腕部磨試,兩腕皆傷,把石磨轉得很平滑”。這兩塊石頭就由他的弟子供奉於寺院之內,至今遺蹟仍在,成為該寺的鎮寺之寶。從此以後宗喀巴大師以曲龍寺為落腳點,在沃卡一帶傳授格魯派教法。在格魯派教軌日趨完善的同時,在該寺決定了修建格魯派的主持寺院----甘丹寺。據說宗喀巴在曲龍寺北面祈禱了甘丹寺的修建,後人為了紀念,就在他祈禱的地方修建了一座佛塔。